在西林瓶裝樣進行樣品凍干的過程中，西林瓶瓶體破裂以及掉底的現象時有發生，綜合來看，出現這類問題的原因主要有以下三點。

1、西林瓶的質量問題，導致西林瓶瓶體易碎。這種情況下，應考慮更換質量、信譽好的廠家所生產的西林瓶產品。

2、凍干過程中，溫差過大。進行西林瓶凍干的過程中，溫差盡量小于20°C左右，如果無法控制溫差條件，則應該盡量給出一些緩沖時間。

3、冰晶的膨脹力使瓶發生破裂或掉底。這種原因應是發生破裂及掉底現象的主因，在知道凍結機理后，利用冰晶生成有一個從粥狀到剛性的過程，降低預凍速率或在共晶點附近有一個保溫時間，可解決瓶破裂及掉底問題。